Penanganan rajungan diatas bahtera dilakukan dalam bentuk segar & perebusan. Perlakuan yg baik adalah menjaga & membawa rajungan hingga ke pembeli dalam saat yang sesingkat-singkatnya sebagai akibatnya daging rajungan terjaga kualitas kekenyalannya maupun aromanya.

1). Rajungan Segar

Penangkapan Rajungan segar dengan 1 trip > 1 hari memerlukan coolbox untuk menyimpan hasil tangkapan rajungan segar supaya tetap terjaga tingkat kesegarannya, penanganan rajungan dalam bentuk segar (raw materials) di simpan dalam wadah pada suhu sekitar 0 – 4 derajat celsius dan dipertahankan sampai masuk ke miniplant untuk proses perebusan (cooking). Tubuh rajungan diusahakan tetap utuh dan tidak terintrusi air es hingga penyusunan rajungan dalam wadah teratur tidak tergencet, dalam lingkungan dingin, tidak terbuka oleh sinar panas matahari dan bebas dari pengaruh bahan pencemar. Di atas perahu sudah disediakan box sebagai wadah penyimpanan rajungan atau wadah lain yang sama perannya untuk menjaga kesegaran rajungan dan lebih ringan atau lebih mudah dipindahkan. Adapun tahapan penangan rajungan segar adalah sebagai berikut :

• Jenis-jenis rajungan hasil tangkap Bubu Rajungan yang dipilih adalah ukuran komersial (> 150 gram).
• Apabila kapal bubu rajungan berukuran kecil (< 5 GT), digunakan cold-box portable ukuran kapasitas mulai dari 50 kg, 100 kg dan 200 kg yang dilengkapi dengan lubang penirisan (drain hole) untuk membuang air lelehan es. Dengan ukuran kecil ini penempatannya di kapal bubu rajungan lebih luwes, yang penting ditempat yang terlindung dari cahaya matahari langsung.
• Bak pendinginan (chilling) dan pencuci rajungan ukuran 0,5 – 2 m3, sebagai tempat mencuci sekaligus chilling rajungan setelah dilepas dari Bubu Rajungan saat hauling, dimana bak ini akan diisi air laut yang diberi es. Sebaiknya bak ini bertutup dan berisolasi agar dapat menghemat pemakaian es. Perbandingan es curai dan air laut = 2 : 1.
• Keranjang plastik. Terbuat dari bahan HDPE yang cukup kuat dengan kapasitas maksimum 25-30 kg rajungan,  agar cukup ringan sehingga mudah ditangani secara manual. Keranjang ini didesign sedemikian rupa sehingga air lelehan es dapat mengalir dengan lancar dan dapat ditumpuk tanpa memberikan tekanan produk rajungan yang ada didalamnya. Keranjang ini memiliki dua fungsi yaitu untuk wadah rajungan hasil seleksi, tempat melakukan pencucian sekaligus wadah rajungan selama penyimpanannnya dalam palkah. Jumlahnya disesuaikan agar dapat menampung semua hasil produksi,
• Terpal.untuk membuat pelindung dari panas matahari bagi area dek kapal Bubu Rajungan.

2). Rajungan Kukus

• Penanganan rajungan segar merupakan salah satu bagian penting dari mata rantai perdagangan rajungan ataupun industrial rajungan. Penanganan rajungan pada dasarnya terdiri dari dua tahap, yaitu penanganan di atas kapal dan penanganan di darat. Penanganan rajungan setelah penangkapan memegang peranan penting untuk memperoleh nilai jual rajungan yang maksimal. Tahap penanganan ini menentukan nilai jual dan proses pemanfaatan selanjutnya serta mutu produk olahan rajungan yang dihasilkan.
• Peralatan perebusan hasil tangkap rajungan berfungsi untuk melindungi rajungan dari kemunduran mutu daging rajungan setelah proses penangkapan sehingga memberikan peluang dapat dipertahankannya mutu dan kualitas rajungan dalam keadaan mati ataupun menjamin daging rajungan hasil tangkapan bubu tidak mengalami kemunduran mutu selama proses operasi penangkapan sehingga memberikan nilai jual rajungan yang lebih tinggi.
• Peralatan perebusan banyak dipergunakan oleh nelayan rajungan, yang merupakan peralatan perebusan yang cukup sederhana baik kontruksi maupun penggunaan bahan peralatan perebusan. Dengan adanya peralatan perebusan diatas kapal nelayan yang cukup sederhana, maka penanganan rajungan diatas kapal bisa ditingkatkan dengan cara melakukan modernisasi peralatan perebusan sehingga higinitas dan sanitasinya dapat terjamin atau dapat lebih tinggi.

Cara perebusan meliputi :

1) Pensortiran

Pensortiran dilakukan terhadap rajungan hasil tangkapan yang akan direbus. Setelah proses pensortiran dilakukan proses pembersihan dilakukan untuk mengurangi mikroba yg terdapat dipermukaan tubuh rajungan.

Dua) Pencucian

Rajungan yg sudah dimuntahkan berdasarkan bubu dicuci dengan air laut hingga higienis dari lumpur atau kotoran-kotoran yg menempel

3) Perebusan

Setelah proses pencucian dilakukan proses perebusan atau pengukusan pada suhu 80⁰ - 90⁰ C selama 20 – 40 menit sesuai dengan ukuran rajungan. Tujuan dari perebusan ini adalah menghentikan aktifitas bakteri pembusuk jamur maupun enzim sehingga dapat memperpanjang daya awet produk olahan dan mempermudah pengelupasan kulit rajungan. Dalam standard penanganan rajungan diatas perahu untuk produk yang sudah direbus harus diperlakukan dengan kriteria sesuai dengan bentuk produk rajungan yang disediakan dari atas perahu. Dalam hal ini yang perlu diperhatikan standard dalam proses perebusan di atas perahu/kapal yaitu setiap 50 kg rajungan direbus dengan menggunakan air sebanyak 20 liter dan direbus selama  20 – 40 menit. Langkah selanjutnya setelah perebusan agar dianginkan selama 45 menit lalu disimpan di wadah yang dijaga kebersihannya dan terhindar dari kontaminasi bahan atau benda lain sekecil apapun hingga sampai disetor ke miniplant terdekat.

4) Penyimpanan

Rajungan yang sudah direbus selanjutnya disimpan di dalam cool box menggunakan es curah (1 basket ? Balok), maksimal 3 basket @ 25 kg