Sebagai wilayah peralihan atau percampuran, estuaria mempunyai 3 komponen biota, yakni fauna yang asal dari samudera , hewan perairan tawar, dan fauna khas estuaria atau air payau.

Gambar 1. Sidat EropaAnguilla anguilla Melintasi Estuaria

pada Perjalanannya ke Laut

(Foto: Wikipedia Commons)

Fauna lautan yg tidak bisa mentolerir perubahan-perubahan salinitas yg ekstrem umumnya hanya dijumpai terbatas di sekitar perbatasan menggunakan laut terbuka, pada mana salinitas airnya masih berkisar pada atas 30 ppm. Sebagian fauna lautan yang toleran (eurihalin) mampu masuk lebih jauh ke dalam estuaria, di mana salinitas mungkin turun hingga 15 ppm atau kurang.

Sebaliknya hewan perairan tawar umumnya tidak bisa mentolerir salinitas pada atas 5 ppm, sebagai akibatnya penyebarannya terbatas berada di bagian hulu dari estuaria.

Fauna khas estuaria adalah hewan-hewan yang dapat mentolerir kadar garam antara 5-30 pppm, namun tidak ditemukan pada wilayah-wilayah yang sepenuhnya berair tawar atau berair laut. Di antaranya terdapat beberapa jenis tiram dan kerang (Ostrea,Scrobicularia), siput kecil Hydrobia, udang Palaemonetes, dan cacing polikaeta Nereis.

Di samping itu terdapat pula fauna-fauna yang tergolong peralihan, yang berada di estuaria untuk sementara waktu saja. Beberapa jenis udang Penaeus, misalnya, menghabiskan masa juvenilnya di sekitar estuaria, untuk kemudian pergi ke laut ketika dewasa. Jenis-jenis sidat (Anguilla) dan ikan salem (Salmo, Onchorhynchus) tinggal sementara waktu di estuaria dalam perjalanannya dari hulu sungai ke laut, atau sebaliknya, untuk memijah. Dan banyak jenis hewan lain, dari golongan ikan, reptil, burung dan lain-lain, yang datang ke estuaria untuk mencari makanan (Nybakken, 1988)

Akan namun sesungguhnya, berdasarkan segi jumlah spesies, hewan khas estuaria adalah sangat sedikit bila dibandingkan dengan keragaman hewan dalam ekosistem-ekosistem lain yg berdekatan.

Umpamanya menggunakan hewan khas sungai, hutan bakau atau padang lamun, yg mungkin berdampingan letaknya dengan estuaria. Para ahli menganggap bahwa fluktuasi kondisi lingkungan, terutama salinitas, & sedikitnya keragaman topografi yg hanya menyediakan sedikit relung (niche), yang bertanggung jawab terhadap terbatasnya hewan spesial setempat.